Към настоящия момент Центърът за съвременна микроскопия включва следната апаратура:

  1. Andor Revolution XD спининг диск конфокален микроскопска система с висока времева резолюция за изследване на живи клетки, снабдена с апаратура за FRAP и лазерно микрооблъчване която включва:
    1. Nikon TiE инвертен микроскоп със система за автофокус
    2. Yokogawa CSU-X1 спининг диск
    3. Предметна масичка, автоматизирана в X, Y и Z посока. Движението в Z посока се осъществява чрез пиезо елемент
    4. Tри броя твърдотелни (solid state) лазери с дължини на вълните съответно 405 nm, 488 nm и 560
    5. FRAPPA Модул за флуоресцентно възстановяване след фотогасене (fluorescence recovery after photobleaching, FRAP) и фотоактивация (photoactivation, PA)
    6. TuCam модул който позволява едновременно регистриране на образи в две различни дължини на вълните
    7. Две iXon3 EMCCD Камери с електронно усилване на сигнала
    8. Borealis
    9. Оптична антивибрационна маса
    10. Компютърна конфигурация за управление на микроскопската система
    11. Клетъчен инкубатор за микроскоп
    12. CO2 контролер за поддържане на концентрацията на CO в клетъчния инкубатор
    13. Tемпературен контролер и за поддържане на подходяща температура в клетъчния инкубатор
    14. Micropoint лазерен микроирадиационен модул
    15. IQ компютърна програма за управление на компонентите на микроскопската система, спининг диска, микроирадиационния модул и FRAP модул
    16. MetaMorph компютърна програма за управление на компонентите на микроскопската система и за анализ на изображения
  2. Zeiss Axiovert 200M инвертен моторизиран епифлуресцентен микроскоп които включва:
    1. Axiovert 200M инвертен моторизиран епифлуресцентен микроскоп
    2. Апотом
    3. Аxiocam камера
    4. антивибрационна маса
    5. Axiovision компютърна програма (софтуер) за управление на компонентите на микроскопската система и за анализ на изображения
  3. Компютърни програми за анализ на микроскопски изображения:
    1. Imaris
    2. CellTool
    3. ImageJ
    4. Fiji